Coronavirus: Google, Intel, Lenovo helfen bei Sequenzierung von Covid-19

Wissenschaftler beschäftigen sich derzeit mit dem Coronavirus. Google, Intel und Lenovo stellen ihnen dafür unterschiedliche Hilfsmittel zur Verfügung, um das Virus und seine Funktionsweise besser zu verstehen.

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Mitarbeiter von BGI Genomics am Sequenziergerät: Die Verfahren der Bioinformatik sind rechenintensiv.
Mitarbeiter von BGI Genomics am Sequenziergerät: Die Verfahren der Bioinformatik sind rechenintensiv. (Bild: BGI Genomics)

Dem Coronavirus gilt derzeit weltweit viel Aufmerksamkeit. Viele Großveranstaltungen werden abgesagt. Viele Menschen haben Angst vor Ansteckung. Derweil entschlüsseln Wissenschaftler das Erbgut des Virus, um einen Impfstoff zu entwickeln. Mehrere Hightech-Unternehmen unterstützen sie dabei.

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So haben die Hardware-Hersteller Intel und Lenovo angekündigt, mit den chinesischen Genforschern von BGI Genomics zusammenzuarbeiten. Intel und Lenovo stellen den Genetikern ein Hochleistungsrechner-Cluster zur Verfügung. Die Computer sollen die Daten aus dem Sequenzierungsgerät von BGI verarbeiten. Das soll die Analyse der Genoms des als Covid-19 bezeichneten Virus beschleunigen. Diese Erkenntnisse sind notwendig, um bessere Diagnosemethoden sowie einen wirksamen Impfstoff zu entwickeln.

BGI Genomics habe bereits Hunderte klinischer Proben sequenziert, sagte Xiangqian Jin, IT-Chef des Unternehmens. Die Verfahren der Bioinformatik wie Genomentschlüsselung, Sequenz-Alignment oder Annotation seien sehr rechenintensiv. Deshalb sei es gut und wichtig für die Verbesserung der Analyse, Zugang zu den Hochleistungsrechnern und aktuellen Verfahren zur Genomanalyse zu haben.

Alphafold modelliert mögliche Corona-Proteine

Google hat indessen das System Alphafold darauf angesetzt, Proteine des Virus zu berechnen. Das Unternehmen hat mehrere mögliche Proteinstrukturen veröffentlicht, die das System modelliert hat. Google weist jedoch explizit darauf hin, dass es sich um Voraussagen handele, die nicht experimentell verifiziert seien.

Die Hoffnung ist laut Google, mit diesen Daten dazu beizutragen, das Virus und seine Funktionsweise zu verstehen. Dafür ist die Kenntnis der dreidimensionalen Struktur von Proteinen notwendig. Diese ist jedoch sehr komplex, eine Modellierung ist aufwendig und kann lange dauern.

Das mit künstlicher Intelligenz (KI) arbeitende System Alphafold kann diesen Vorgang beschleunigen. Das System wurde 2018 vorgestellt und übertraf einem Modellierungswettbewerb gleich die Konkurrenten. Es berechnete in einer vorgegebenen Zeit die Struktur von deutlich mehr Proteinen. Seither wurde Alphafold noch weiterentwickelt.

Alphafold wurde von dem britischen Unternehmen Deepmind entwickelt, das Google 2014 gekauft hat. Deepmind mit hat seinen KI-Systemen schon einige aufsehenerregende Erfolge erzielt, wie etwa der Sieg in dem asiatischen Strategiespiel Go gegen den südkoreanischen Profi Lee Sedol.

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jimbokork 07. Mär 2020

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