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IBM-Rechner für die effiziente Verarbeitung von Genomdaten

IBM und Humboldt Universität vertiefen Forschungskooperation

IBM unterstützt die Forschungen im Bereich Life Science an der Humboldt Universität mit dem IBM-Hochleistungsrechner pSeries im Wert von 1,5 Millionen DM. Professor Johann Christoph Freytag, Ph.D., Inhaber des Lehrstuhls für Datenbanken und Informationssysteme an der Humboldt Universität Berlin, betreut die damit initiierten Forschungsprojekte. IBM fördert damit die Weiterentwicklung der Informationstechnologie auf dem Gebiet der Genomanalyse.

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Die Wissenschaft verspricht sich von der Analyse des menschlichen Erbguts Erkenntnisse über die Ursachen von Krankheiten und die Entwicklung entsprechender Medikamente. Die Genomforschung stellt dabei große Anforderungen an die Informationstechnologie. Riesige Datenmengen müssen analysiert, gespeichert, bearbeitet und vernetzt werden. Als Speichermedien sind herkömmliche Dateien nicht mehr ausreichend. Nur leistungsfähige Datenbanksysteme können diese Datenflut bewältigen.

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Der Großrechner soll die Forschungen auf dem Gebiet der Datenbanktechnologie unterstützen und erleichtern. Die Speicherkapazität von 2,3 Terabyte ermöglicht es, Funktionen im IBM-Datenbankprodukt DB2 zu implementieren, um komplexe Sequenzvergleiche und -analysen zu ermöglichen. Wissenschaftlern sollen damit effiziente Funktionen aus dem Bereich "Life Sciences" auf Basis des Datenbanksystems DB2 zur Verfügung gestellt werden. Des Weiteren sollen Funktionen der Datenbank DB2 entwickelt werden, die den Zugriff auf bereits vorhandene Bio-Datenbanken erleichtern.

Neue Indizierungsmethoden sowie Methoden der Anfragebearbeitung und -ausführung stehen bei der weiteren Entwicklung der Systeme im Vordergrund. Dabei soll die Skalierbarkeit der Lösungen auch im Tera- oder Peta-Byte-Bereich (10 hoch 15 Bytes) sichergestellt werden.

Zudem erhielt Prof. Freytag den mit 40.000 US-Dollar dotierten IBM Faculty Award. Mit diesem Preis und der technischen Unterstützung honoriert und fördert IBM das Engagement von Professor Freytag und seinem Team im Bereich der Datenbanktechnologie. "Die universitäre Forschung ergänzt unsere Entwicklungen und inspiriert zu neuen Lösungen", betonte Professor Frank Leymann, IBM Deutschland Entwicklung GmbH, in seiner Funktion als Ansprechpartner der Humboldt Universität.



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