Roadrunner schlüsselt Stammbaum des HI-Virus auf

Suche nach Impfstoff, der vor Infektion wirkt

Der Petaflops-Supercomputer Roadrunner hat eine neue Aufgabe: Er soll die Gemeinsamkeiten des ständig mutierenden HI-Virus finden, welches Aids auslöst. Bis zu 10.000 Gensequenzen von jedem Patienten sollen untersucht werden.

Das größte Problem bei der Suche nach einem Impfstoff gegen das HI-Virus ist, dass das Virus mutiert, sobald es in die Zellen eines Infizierten vorgedrungen ist. Es kann somit nach bisherigem Stand der Forschung immer nur ein Mittel geben, das einen Virenstamm bekämpft. Das HI-Virus hatte 50 Jahre Zeit für Mutationen, die frühesten Gewebeproben stammen aus dem Jahr 1959.

Einer der Ansätze, die der Physiker Tanmoy Bhattacharya verfolgt, ist daher die Bekämpfung des Virus, bevor es überhaupt eine Infektion vornehmen kann. Dazu müssen aber Gemeinsamkeiten der Virenstämme gefunden werden, die von den Mutationen nicht beeinflusst werden.

Das zieht erheblichen Rechenaufwand nach sich, da sich bisher bis zu 10.000 Gensequenzen eines einzelnen Virenstamms isolieren lassen. Bhattacharya, der für das Konsortium "Center for HIV/AIDS Vaccine Immunology" (CHAVI) arbeitet, hat sich daher mit den LANL zusammengetan, wo der weltweit schnellste Supercomputer Roadrunner steht.

Die Daten von 400 HIV-Infizierten werden dort derzeit untersucht. Im nächsten Schritt soll die Zahl der Gensequenzen auf 100.000 pro Probe ausgedehnt werden. Ob damit schon ein Aids-Impfstoff gefunden werden kann, steht aber laut Bhattacharya noch nicht fest: "Mit diesem Maßstab können wir anfangen, die Beziehungen zwischen chronischen und akuten Infektionen durch die sie verbindenden Zweige zu verstehen - und an diesen Verbindungen könnte ein eigener Impfstoff am effektivsten sein."